Az Első Háború után Stormwind romokban hevert, a királyságot megszállták az orkok, akiket a belső hatalmi harc sem tört meg - ebből Orgrim Doomhammer emelkedett ki győztesen, aki végzett Blackhanddel és megtörte a Shadow Councilt is, viszont a legerősebb warlockot, Gul'dant életben hagyta. Stormwind királya, Llane Wrynn meghalt az ostrom során - Gul'dan orgyilkosa, Garona Halforcen végzett vele; igaz, cseppet sem a saját akaratából. Utódja, Varian még csak kisfiú volt, de már végig kellett néznie apja halálát és városa pusztulását. A túlélőket a hadsereg vezére, Anduin Lothar gyűjtötte össze és a város kikötőjéből hajókkal menekültek északra, Lordaeronba, Terenas Menethil védelme alá.
Terenas meghallgatva Lothar történetét összehívta az emberek királyságainak vezetőit, és meggyőzte őket, hogy az orkok ellen szövetséget kell kötniük: így Lordaeron, Dalaran, Stromgarde, Alterac, Gilneas, Kul Tiras és Stormwind menekültjeinek részvételével megszületett az Alliance, ami szövetséget kötött Ironforge törpe királyságával, Gnomeregan gnómjaival és az Aerie Peakben élő törpékkel, a Wildhammer klánnal is. Terenas megkereste Quel'Thalast is, de a high elfek nem kívántak csatlakozni a szövetséghez.
Az orkok is igyekeztek felkészülni a következő háborúra: a Dommhammernek látszólag hűséget fogadott Gul'dan az elesett stormwindi lovagok testéve ork warlockok lelkeit költöztette, így létrehozva az első death knightokat, akiket Teron Gorefiend vezetett. A profit reményében a goblinok is feladták semlegességüket, és egy trade prince (nem részletezett, melyikük - állítólag a Steamwheedle Cartel vezetője) csatlakozott a Hordához, hogy haditechnikát és robbanóanyagokat szállítson nekik. Azt sem szabad elfelejteni, hogy a bosszúszomjas Deathwing megtalálta a Demon Soult, és elvezette a varázsszerhez a Dragonmaw Clan orkjait - a klán vezetője, Zuluhed egy korábbi warlockot, Nekros Skullcrushert bízott meg a talizmán kezelésével. Ezzel felvértezve az orkok képesek voltak fogságba ejteni és irányítani a vörös sárkányokat - beleértve az őket vezető Dragon Aspectet, Alexstraszát is.



Hat évvel Stormwind eleste után a Horda megkezdte az inváziót, rögtön két útvonalon: az egyik támadás Blackrock Spire-ből indult, és a célpontja a törpék hegyi királysága, Ironforge volt. A támadásban könnyedén elfoglalták Loch modant és környékét, majd Dun Moroght is - a törpék és a gnómok egészen Ironforge-ig szorultak vissza, ahol elbarikádozták magukat és körömszakadtáig védekeztek, és egyetlen kapcsolatuk a szövetségeseikkel a légi útvonal volt. Az orkok eközben megszállták Wetlandset is, elfoglalták az itteni törpe erődöket - Dun Algazt, Dun Modrt és Grim Batolt. Utóbbi hely lett az egyik legfontosabb erőd a Második Háborúban, lévén itt őrizték a Demon Soult és a kontrollált sárkányokat, Alexstraszát is beleértve.
A második támadás a tengeren indult. A Horda gyors rajtaütésekkel elfoglalta Zul'Dare, Tol Barad és Crestfall szigeteit, majd az itt létrehozott bázisokról kiindulva partraszálltak Hillsbrad Foothillsben és lerombolták Southshore-t, Hillsbradot és Tarren Millt. Ebben nagy segítségükre volt a Lord Prestor - azaz Deathwing - által árulásba vitt Alterac királya, Lord Perenolde, aki titokban térképekkel segítette a Hordát. Tarren Millnél megtalálták és kiszabadították a fogoly Zul'jint is, aki ezután összegyűjtötte az Amani troll törzseket és ők is csatlakoztak a Hordához. Ez maga után vont egy harmadik támadást is: miután elterelték egy kisebb összecsapással az Aerie Peaknél levő Lothar figyelmét, a trollok és az orkok behatoltak Quel'Thalasba és megtámadták a high elf királyságot. Gul'dan sikeresen megszerzett néhány rúnakövet az elfektől, amik segítségével létrehozta az első kétfejű ogre mágusokat. Ezután a high elfek is csatlakoztak az Alliance-hez.
Ezzel az Alliance lehetőséget kapott az ellentámadásra - az elfek hajóinak segítségével ugyanis sikerült visszaverni a Hordát Hillsbradból egészen Crestfallig és Wetlandsig. Lothar kettéosztotta a seregét: az egyik fele a high elfeknek segítve kiverte a trollokat és az orkokat Quel'Thalasból, míg a másik fele a Hinterlandsben található Hordás erőket igyekezett elpusztítani - több-kevesebb sikerrel. Ezek a győzelmek lehetővé tették, hogy megpróbálják kiszorítani a Hordát Arathi Highlandsről és Khaz Modanból. először komoly áldozatok árán elfoglalták Tol Barad erődjét, majd sikerrel ostromolták meg Thandol Spant és Dun Modrt. Az Alliance ezután visszafoglalta Wetlandsot, sikeresen megostromolták Dun Algazt is - de Grim Batolnál kudarcot vallottak, és a Dragonmaw orkok megtartották az elátkozott erődöt. Ennek ellenére folytatódott a további előrenyomulás délre és végül sikerült felszabadítani Loch Modant is, és visszaszorítani az orkokat Ironforge-tól.
Ezután kis szünet következett: a Horda összeszedte maradék erőit, hogy újabb támadást indíthasson észak felé, míg az Alliance igyekezett az északon maradt hordás erőket kiszorítani - ezt Uther Lightbringer és a frissen létrehozott paladin rend, a Knights of the Silver Hand végezték. Ugyanakkor egy lázadás Tyr's Handben felfedte az Alliance vezetői előtt, hogy Lord Perenolde és Alterac elárulta őket - így az egyesült seregek megtámadták és elpusztították az áruló királyságot. Ez azonban lehetőséget adott Doomhammernek, hogy megostromolja Lordaeront magát - és az Alliance első próbálkozása a felszabadításra kudarcot vallott.

Miközben az Alliance megpróbálta összeszedni a haderejét a sikertelen lordaeroni csata után, Gul'dan, aki évek óta a Medivh által korábban neki megmutatott Tomb of Sargerast kereste, sikerrel járt: megtalálta a helyet és ki is emelte a víz felszíne fölé. Ezzel kivonta a Lordaeront ostromló erőkből a Stormreaver és a Twilight's Hammer klánokat, hogy megszerezze az ott rejtőző tárgyakat és megerősítse démoni hatalmát - csakhogy a sírnál rejtőző démonok végeztek vele és a csapatával is. A felbosszantott Doomhammer visszavonult az ostromból a Horda többi részével és az áruló warlock után eredt. Gul'dan nem járt túl jól: a sírt őrző démonok őt és a kíséretét is cafatokra tépték, míg a vele tartó két klán maradékát a bosszúszomjas Orgrim és a Horda ölte meg.
Az Alliance az orkok visszavonulása után az ott maradt ostromlókat könnyűszerrel lemészárolta. A trollok már korábban elhagyták Doomhammer seregét, amikor a Warchief Quel'Thalas helyett Lordaeron ellen vezette a seregét - kivéve a Firetree és a Smolderthorn törzseket. Az így meggyengült Hordát a goblinok is otthagyták, mert az üzlet már nem volt kifizetődő számukra. A megmaradt ork klánok visszavonultak Blackrock Spire-be, ahol hamarosan szembe kellett nézniük az Alliance teljes seregével. A támadást vezető Anduin Lothart lesből megtámadta egy nagyobb hordás csapat, amit maga Doomhammer vezetett, és sikeresen végeztek is az Alliance egyik legnagyobb hősével - azonban  Lothar törött kardját felvette egyik hadnagya, a paladin Turalyon, aki a későbbi támadások élére állt. Noha a Warchief arra számított, hogy vezérük halála után az Alliance seregei megtörnek, pont az ellenkezője történet: a sereg morálja megerősödött, és végül lemészárolták a Horda harcosainak nagy részét, és sokakat fogságba ejtettek - magát Orgrim Doomhammert is. A túlélők legnagyobb része elhagyta a csata színhelyét és visszavonult a Dark Portalhoz, majd egy újabb véres csata után a Horda megmaradt része visszatért Draenorra - ezzel a Második Háború végetért. A foglyokat északra, Lordaeronba vitték, ahol táborokban tartották őket. A blackrock spire-i csata egyik utóhatása volt az is, hogy Alexandros Mograine hozzájutott egy sötét kristályhoz egy halott warlocktól...



A Dragonmaw klán maradékai észak felé, Grim Batolba menekültek, lévén a Demon Soul révén még mindig uralták a vörös sárkányokat és Alexstraszát. Azonban a Dragon Aspect legfiatalabb párja, Korialstrasz korábban el tudott menekülni, és a Kirin Tor mágusának, Krasusnak álcájában egy fiatal varászlóval Rhoninnal Alexstrasza kiszabadításán ügyködött. Ugyan nem tudtak róla, de ebben maga Deathwing, a Black Aspect segítette őket, ugyanis feltett szándéke volt a vörös flight megtizedelése és Alexstrasza tojásainak megszerzése. Ennek érdekében manipulálta Nekros Skullcrushert is, aki a behatására a Grim Batolban levő orkokkal együtt elindult Dun Algaz felé, hogy az ott állomásozó társaikhoz csatlakozzanak - de útközben a karavánt két tűz közé fogták a fekete sárkányok és Falstad Wildhammer vezetésével egy kisebb törpecsapat (ennek a nyoma ma is látható Wetlandsben). A csata közben Rhonin megszerezte a Demon Soult, és Deathwing nála levő pikkelyével megsemmisítette a varázsszert - ezzel egyrészt felszabadította (a meglehetősen feldühödött) Alexstraszát, másrészt visszaadta a Dragon Aspecteknek azt az erőt, amit a talizmánba rejtettek még a War of the Ancients idején. Ezután a vörös sárkányok legyőzték Deathwinget és elpusztították a Dragonmaw orkok legnagyobb részét is; míg Rhonin és Falstad kiérdemelte Alexstrasza barátságát. Grim Batol maga lezárva maradt és vörös sárkányok őrizték, noha a mélyben Lady Sinestra továbbra is Deathwing tervén ügyködött...
Az Alliance vezetői a Dark Portalnál aratott győzelem után úgy döntöttek, hogy átküldenek egy expedíciót a portálon Draenorra, hogy visszaszerezzék Ner'zhultól Medivh könyvét (aki megszerezte még az Eye of Dalarant, a Skull of Gul'dant és a Jeweled Scpeter of Sargerast is Azerothról és Draenorról). Ner'zhul szándéka - Teron Gorefiend inspirálására - az volt, hogy a Horda újabb egyesítése után portálokat nyit majd, amiken át frissen meghódítható világokra mehetnek a Horda harcosai. Az Alliance expedícióját Khadgar vezette, és a közvetlen parancsnokságba tartozott még Kurdran Wildhammer, Turalyon, Alleria Windrunner és Danath Trollbane is. Korántsem mellesleg Deathwing is áthelyezte ide a székhelyét átmenetileg, és a többi dragonflighttól ellopott tojásokkal kísérletezve egy új sárkánynemzetséget akart létrehozni.



Ner'zhul azonban az egykori tanítványa, Gul'dan koponyájából áradó erő befolyása alá került és a Horda helyett a saját megerősödése járt a fejében. Miután megnyitotta a portálokat, követőit az áthaladásra utasította - és amikor az egyik hadnagya, Obris nehezményezte, hogy hátrahagyják a Hordát, Ner'zhul halálosan megsebesítette a harcost. Obrisra még a halála előtt rátalált Khadgar, aki átadta neki Medivh könyvét, majd meghalt. A portálok megnyitásához szükséges mágikus erő túl nagynak bizonyult, és az elszabadult varázslat széttépte Draenort - a bolygóból megmaradt legnagyobb darabot ezután Outland néven emlegették. Az Alliance itteni hadereje nagyrészt túlélte a pusztulást - és Azeroth biztonsága érdekében Khadgar lezárta a Dark Portalt, ezzel elvágva a saját hazaútjukat is. Még ezelőtt néhányan azért visszatértek Azerothra - például Grom Hellscream és a Warsong klán, vagy éppen Deathwing és Nefarian. A bolygó pusztulása kihatott az itt levő sárkánytojásokra is, így jöttek létre a netherdrake-ek.
A Twisting Netherbe lépett Ner'zhult és követőit a Burning Legion démonai azonnal megölték... de Ner'zhul szellemét Kil'jaeden életben tartotta, és a korábbi sikertelenségéért büntetésül egy sisakba, azt pedig egy jégtömbbe (a Frozen Throne-ba) zárta. Itt Ner'zhul ereje és képességei soha nem látott módon megerősödtek, és ezzel megszületett a Lich King...