Malfurion a hosszú életű night elfek között is az idősebbek közé tartozik; már a War of the Ancients idején is elismert tudósnak számított. Az elsők között tűnt fel neki, hogy Azshara és a Highborne-ok eltávolodtak a néptől, és gyanítani kezdte, hogy a Well of Eternity energiája mégsem lehet olyan tiszta, mint amilyennek gondolták. Malfurion idővel elkezdte a druidizmust is megtanulni a félisten Cenariustól. Nem sokkal később a Highborne-ok féktelen mágiahasználata magára vonta Sargeras figyelmét, aki kapcsolatba lépett Azsharával és kancellárjával, Xaviusszal - akik egy portált nyitottak Azerothra, és a Burning Legion démonai megkezdték a pusztítást.
A night elfek igyekeztek visszaverni a támadásokat, de az ellenállás - amit először Lord Kur'talos Ravencrest vezetett - nem volt túl hatékony. Malfurion és szerelme, Tyrande Whisperwind segítségül hívta Cenariust és a sárkányokat is, de a démonok és a velük szimpatizáló Highborne-ok együtt túl soknak bizonyultak, főleg Neltharion árulása után. Malfurion idővel ellopta Deathwingtől a Demon Soult, és utolsó reménységként elhatározta, hogy elpusztítja a Well of Eternityt. Noha ezt a tervet Malfurion ikertestvére, Illidan elárulta, végül - a jövőből érkező Broxigar, Rhonin és Krasus segítségével - a terv sikerült és a mágikus tóban megnyílni készülő Dark Portal összeomlott. Azonban nem várt mellékhatásként a Sundering néven ismert katasztrófa is bekövetkezett: az ősi kontinens, Kalimdor darabokra szakadt, a Well of Eternity helyén létrejött a sosem nyugvó örvény és viharzóna, a Maelstrom, és a friss óceán elnyelte Azsharát és követőit is.
Malfurion, Tyrande, Illidan, Cenarius és a night elfek egy része túlélte a katasztrófát, és a szent hegyre, Hyjalbe költöztek. Itt Illidan az eredetiből megmentett üvegcse víz segítségével létrehozott egy új Well of Eternityt - és az ekkorra a night elfek vezetőjévé vált Malfurion nem tehetett mást, minthogy bebörtönözze fivérét Hyjal alá a Barrow Deeps mélyére. Hogy álcázzák az új tavat, a druidák elültették bele a Mother Tree, G'Hanir egy megbűvölt makkját; és az így kinőtt fát, Nordrassilt valamennyi Dragon Aspect megáldotta, ezzel halhatatlanságot biztosítva a night elfeknek. Azonban ennek ára is volt: az Emerald Dreamhez kötött World Tree kapcsolata csak úgy volt fenntartható, ha a druidák maguk is az Emerald Dreambe vonultak vissza egy mágikus álomban, ezzel elszakadva szeretteiktől.
Malfurion maga is elbúcsúzott Tyrande-tól és a Moonglade-ben levő Stormrage Barrow Dens mélyén álomba merült. Innen csak ritkán tért vissza, a night elfeket fenyegető nagy veszélyek idején - ilyen volt például, amikor a túlélő Highborne-ok Dath'Remar Sunstrider vezetésével egy mágikus vihart szabadítottak Ashenvale-re. A druidák megállították a vihart és Malfurion - nehéz szívvel ugyan - száműzte Sunstridert és követőit, akik áthajóztak Azerothra és belőlük lettek a high elfek.


Malfurion és társai időről időre visszatértek Ashenvale-be, de egészen addig nagyrészt aludtak, amíg a Burning Legion visszatérése a Harmadik Háborúban szükségessé nem tette a felébresztésüket. Tyrande előbb Malfuriont, majd a páros sorban a többi druidacsoportot ébresztette fel. Malfurion tudta, hogy Archimonde célja Nordrassil lesz, hogy kiszívja a World Tree energiáit. Közben összetalálkoztak az Azerothról elmenekült humanekkel és orkokkal is, akik egymással és a Scourge undeadjeivel is harcoltak. Malfurion szerint jó szövetségesek lehettek volna, de Tyrande elutasította ezt, mivel az orkok voltak a felelősek Cenarius haláláért. Hyjal felé haladva eljutottak Illidan börtönéhez is, és Tyrande - Malfurion ellenkezése dacára - kiszabadította őt, mivel szerinte a demon hunter hasznos lehet a Burning Legion elleni harcban. Illidan továbbra sem nyert bocsánatot fivérétől, így Malfurion nélkül indult el Felwoodba néhány night elffel, hogy a dreadlord Tichondrius ellen harcoljon. Tyrande és Malfurion utánasietett, de mire elértek a harchoz, Illidan már győzött... és egyben felemésztette a Skull of Gul'danban rejlő energiát, ami félig démonná változtatta. Az elborzadt Malfurion ezután végleg száműzte testvérét a night elfek birodalmából, majd visszaindult Hyjalbe.
Ezen az éjszakán a druidát álmában meglátogatta egy holló, akinek az utasítására Hyjal lábához ment Tyrande-dal - ahol találkozott Jaina Proudmoore-ral, Thrall-lal és a rejtélyes Prófétával, aki Medivhnek bizonyult. Medivh elérte, hogy a night elfek, az emberek és az orkok összefogjanak a Burning Legion és a Scourge elleni végső csatában. Malfurion kétségbeesett tervet ötölt ki: az egyesített erők lelassították a démonokat és az élőhalottakat, miközben a druida összegyűjtötte az erdő ősi védőszellemeit, a wispeket a World Treenél. Amikor Archimonde áttört az utolsó védvonalon is és eljutott Nordrassilig, Malfurion megfújta a Horn of Cenariust és ezzel támadásra küldte a wispeket, akik a World Tree erejét felhasználva egy óriási robbanásban felemésztették az eredar warlockot - és egyben felégették a környező erdőt és magát Nordrassilt is, ezzel véget vetve a night elfek tízezer éves halhatatlanságának.



A hazafelé tartó druidát Maiev Shadowsong egy követe állította meg, aki Illidan ellen kért segítséget. A nagákkal szövetkezett demon hunter fogságba ejtette a csata során Tyrande-ot, de elengedte a high priestesst azzal a megjegyzéssel, hogy ne kövessék. Malfurion, Tyrande és Maiev nem fogadták meg ezt, és Lordaeronba utaztak. Malfurion itt visszavonult az erdőbe a természettel tanácskozni, és egy víziót látott arról, ahogy Illidan széttépi Northrendet az Eye of Sargerasszal. Amikor a druida visszatért a táborba, Maiev arról tájékoztatta, hogy Tyrande meghalt - és a feldühödött Malfurion ezután Maievvel és az új szövetséges Kael'thasszal fogságba ejtette Illidant és Vashj nagáit. Kael'thas azonban elárulta, hogy Tyrande-ot elsodorta a folyó és nem biztos, hogy meghalt... így a druida a fák gyökereivel lekötözte a hazug Maievet, és Tyrande után indult Illidannal közösen. Sikeresen megtalálták a papnőt, és Illidan kiszabadította a Scourge ostroma alól; ezután Malfurion megbocsátott testvérének, de figyelmeztette, hogy ne térjen vissza Ashenvale-be. Illidan egyetértett és távozott, míg a night elf vezetők hazatértek.
Itt Malfurion azt találta, hogy a druidák egy csoportja Fandral Staghelm vezetésével egy új World Tree létrehozására készül. Malfurion ellenezte a tervet, és nem sokkal később ismét visszatért a Stormrage Barrow Denbe, hogy regenerálódjon a csaták után az Emerald Dreamben. Csakhogy valami félresikerült. Hiába pihent Moonglade legvédettebb helyén, Malfurion mégis kómába zuhant és csapdába esett az Emerald Dreamben. Mint kiderült, a Dreamet ostrom alá vette a rejtélyes Nightmare, amely az Emerald Dream leghatalmasabb lényeit is képes volt korrumpálni, és a visszatérni képtelen Malfurion ez ellen harcolt.

Folytatás a Stormrage-nél olvasható!!!