A Harmadik Háború kezdete egyszerre világosan meghatározható és ködös. Egyszerűen meghatározható, hiszen minden akkor kezdődött, amikor Terenas, Lordaeron királya az országa északi részét megfertőző új járvány kivizsgálására küldte ki fiát, Arthast, a paladinok vezetőjét, Uthert és egy fiatal mágust Dalaranból, Jainát. Ködös, mert az előzményekhez tartozik Ner'zhul az előző részben elmesélt halála és újjászületése a Lich Kingként; az Első Háborúból Medivh halála, majd későbbi újjáélesztése (ezt az Aegwynnről szóló órán említettem); Tirion Fordring pere; Kel'Thuzad kapcsolata a nekromanciával; és Thrall felemelkedése a Horda vezetőjévé. De maradjunk ezúttal a szűkebben vett eseményeknél...
Tehát a dolog úgy kezdődött, hogy Lordaeron királyságának északi részén egy eddig ismeretlen és gyógyíthatatlan járvány tűnt fel, aminek következtében a lakosság erőteljes elhalálozásba kezdett. Sőt, egyes pletykák szerint a halottak nem igazán díjazták a jól megszokott temetési szertartásokat, és kimásztak a sírjaikból egykori szeretteik húsára éhes élőhalottként... Terenas, Lordaeron királya Arthas herceget, a trónörököst jelölte ki a vizsgálatra, mi is történik. Segítőül a király mellérendelte tanítóját, a Knights of the Silver Hand vezetőjét, Uther Lightbringert, és a Kirin Tor mágusai is küldtek némi segítséget az egyik legtehetségesebb fiatal mágus, Jaina Proudmoore személyében.



Nem sokkal korábban Terenasnak furcsa látogatója volt - egy holló képében érkezett férfi, aki a Prófétának nevezte magát. Arra figyelmeztette a királyt, hogy országa végveszélyben van, és ha azt akarja, hogy a népe túléljen, akkor ültessen mindenkit hajóra és meneküljenek az óceán túlpartjára, a rejtélyes kontinensre, Kalimdorra. Terenas badarságnak tartotta a Próféta szavait és azt mondta, megvédi királyságát. A Próféta ezt megelőzően megkereste a Hordát újjászervezni készülő fiatal Warchiefet, Thrallt is. Thrall épp az internáló táborokba zárt letargiába esett orkok kiszabadításával, a Horda újjászervezésével, a Terenas katonái elől meneküléssel és a sámánizmus újrafelfedezésével volt elfoglalva, de meghallgatta az idegen figyelmeztetését - és úgy döntött, hisz neki. A Horda megtámadott egy lordaeroni kikötőt (feltételezhetően Southshore-t) és kihajózott a kontinensről.
Arthas és Jaina Andorhalban kezdték a vizsgálatot, ahol azt találták, hogy az ott levő gabona fertőzött, és aki evett belőle, az meghalt. Hamarosan továbbhaladtak Brillbe, ahol már egy komplett élőhalott hadsereget találtak - és a vezetőjüket, egy Kel'Thuzad nevű necromancert. A varázsló elárulta, hogy egy Mal'Ganis nevű démont szolgál, aki közvetlenül irányítja az élőhalottakat... a Scourge-öt. Arthas végzett Kel'Thuzaddal, és megfogadta, hogy megöli Mal'Ganist is. Mivel a démon Stratholme-ban volt Kel'Thuzad szavai szerint, Jaina és Arthas arra indultak. Útközben Hearthglennél újra megtámadta őket a Scourge - és itt kiderült a járvány igazi természete is: aki a plague-ben halt meg, az valóban élőhalottként tért vissza. Hearthglen a megmenkülését Uthernek és paladinjainak köszönhette, akik időben érkeztek ahhoz, hogy elpusztítsák az élőhalottakat és csatlakozzanak Arthashoz.
A Próféta ekkor megkereste a herceget, és felszólította, hogy menjen Kalimdorra, és bár Jaina hitt a férfi szavainak, Arthas azt válaszolta, hogy nem hagyja itt népét. Stratholme-ba érve azt találták, hogy a fertőzött gabonát már kiosztották a lakosságnak és valószínűleg mindenki megfertőződött. Arthas nem akart egy egész seregnyi élőhalottat, így megparancsolta Uthernek, hogy rombolja le a várost és végezzen a lakossággal. A sokkolt paladin ezt visszautasította, mire a herceg elbocsátotta a szolgálatból és feloszlatta a Silver Handet. Uther távozott lovagjai legnagyobb részével - és vele ment Jaina is, aki nem volt hajlandó részt venni a mészárlásban.



Akik a seregből Arthasszal maradtak, azok szemtanúi lehettek, amint Mal'Ganis kihívja a herceget egy párviadalra - a tét Stratholme. A városban a démon élőhalottá változtatta a lakosokat, akiket Arthas igyekezett azelőtt megölni, hogy ezt megtehette volna - végül ugyan a herceg győzött, de hiába akart megküzdeni Mal'Ganisszal, a démon elment... de előtte azt mondta, hogy Northrenden találkoznak majd. Arthas a seregével azonnal el is indult északra, miközben Uther és Jaina visszajött eltemetni a holtakat. A Próféta ezúttal Jainát kereste meg, és a varázslónő hallgatott rá és megkezdte a Kalimdorba induló flotta szervezését.
A Northrendre érkező Arthas hamarosan találkozott a Frostmourne nevű rúnakardot kereső törpe expedícióval, amit Magni Bronzebeard öccse, Muradin vezetett. A törpéket az élőhalottak támadásai szakították el korábban az utánpótlástól és Lordaerontól. Amikor megérkezett Terenas parancsa, hogy térjenek haza, Arthas felbérelt egy csapat zsoldost, hogy pusztítsák el az expedíció hajóit, így lehetetlenné téve a visszautat - majd a katonáinak parancsba adta a zsoldosok lemészárlását. Ezután meggyőzte a seregét, hogy nincs más út, csak előre a Frostmourne és Mal'Ganis legyőzése felé. A kardot végül a Dragonblight egyik barlangjában találta meg Arthas és Muradin, azonban azt kellett tapasztalniuk, hogy a fegyver átkozott. A herceg mindenképpen meg akarta menteni a királyságát, így elfogadta az átkot és magához vette a Frostmourne-t, azonban eközben Muradin életét vesztette. (később azonban kiderült, hogy a törpe mégsem halt meg - viszont amikor magához tért, amnéziás volt és semmire sem emlékezve jutott el végül Frostholdba)
Arthas megmaradt embereivel megtámadta Mal'Ganis táborát, és sikerült végeznie a démonnal - ezután azonban kezdett hatni a kard átka és a lassan megőrülő herceg elhagyta embereit, és eltűnt Northrenden. Amikor hónapokkal később előkerült, hazatért Lordaeronba. Apja nagy ünnepléssel fogadta fiát, aki a megérkezése után az üdvözlésére elősiető Terenast azonnal megölte és saját magát Lordaeron új királyának kiáltotta ki... majd átadta az országot az élőhalott Scourge-nek.
 

Arthas az apja meggyilkolása utáni hetekben fokozatosan a Lich King hatalma alá került, és death knightként pusztította el saját korábbi népét. Pár héttel Terenas halála után új utasítást kapott az áruló herceg: újra fel kellett élesztenie Kel'Thuzadot, akit korábban ő ölt meg. A nekromanta maradványainak tárolásához egy mágikus urnára volt szüksége Arthasnak - és apja hamvai pont egy ilyen urnában voltak, ám ezt a Silver Hand paladinjai őrizték Utherrel az élükön. Arthas megtámadta és legyilkolta a paladinokat, nem kímélve egykori tanítóját sem - majd szétszórta apja hamvait és Kel'Thuzad maradványaival az egyetlen helyre indult, ahol megvolt a kellő mágikus erő az újraélesztéshez: Quel'Thalasba a Sunwellhez.
Quel'Thalast ugyan mágikus rúnakapuk védték, de ezek titkát egy áruló - Dar'Khan Drathir - elárulta a death knightnak, aki ezek után könnyedén ölte halomra az ellene harcoló high elf rangereket, és pusztította el a rúnakapukat. A rangerek parancsnoka, Sylvanas Windrunner is a Scourge fogságába esett, ahol Arthas megkínozta, majd kitépte a lelkét a testéből és így Sylvanas lett az első banshee. A bansheekkel megerősített Scourge ezután felprédálta Silvermoont, átkelt Quel'Danas szigetére, ahol Arthas Kel'Thuzad maradvnyait a Sunwell szent vizébe helyezte - ezzel a mágikus kút megfertőződött, a nekromanta pedig lichként ismét életre kelt. Ezután az élőhalott sereg módszeresen felprédálta Quel'Thalast, megölve a high elfek legnagyobb részét. Ezt követően Arthas és Kel'Thuzad új feladatot kapott az időközben Azerothra érkezett dreadlordoktól: meg kellett szerzniük Medivh varázskönyvét Dalaranból. Noha a Kirin Tor legjobb mágusai próbálták megvédeni a várost, élükön a Kirin Tor vezetőjével, Archmage Antonidasszal, ez sem volt elég: Arthas eljutott egészen a Violet Citadelig és személyesen ölte meg Antonidast. Ezután Kel'Thuzad megidézte a varázskönyv segítségével a Burning Legion egyik leghatalmasabb vezetőjét: Archimonde-ot. A démon bemutatkozásképpen porig rombolta, ami Dalaranból megmaradt, majd átvette a Scourge hadműveleteinek irányítását és a démonokat és élőhalottakat új célpont felé irányította: a night elfek szent fája, a Hyjal-hegyen álló Nordrassil elpusztítása lett az új cél. Arthas és Kel'Thuzad Lordaeronban maradt, különösebb feladat vagy hatalom nélkül.
Eközben Jaina flottája megérkezett Kalimdorra, és elkezdtek berendezkedni Theramore szigetén. Thrall és a Horda már korábban elindultak; először a Maelstrom közelében akadtak problémáik, amikor az örvény szétszórta a hajókat és Thrall csapata a Broken Islesnál összefutott a korábban Stranglethorn Vale-ből elűzött kis troll törzzsel, a Darkspear trollokkal. A trollok vezetőjét, Sen'jint fogvatartó naga Sea Witch és murlocjai összecsaptak az orkokkal és a trollokkal, és ugyan a Horda győzött, Sen'jint nem sikerült megmenteni. Ezután a Darkspear törzs csatlakozott Thrallhoz, és ők is elindultak Kalimdorra. Mire odaértek, Grom Hellscream és a Warsong klán már kikötött és összetűzésbe is keveredett Jaina Proudmoore seregével. Thrall leállította a csatározásokat, majd miután Grom megszegte a neki adott parancsot, hogy ne támadjon, a Warsong klánt észak felé, Ashenvale-be küldte, hogy gyűjtsenek fát az új főváros felépítéséhez.
A Barrens kietlen pusztaságában a Horda tagjait kereső Thrall találkozott a taurenekkel, akiket Cairne Bloodhoof vezetett. Cairne szerint nyugatra, Stonetalon Mountainsben élt egy próféta, aki segíthet Thrallnak és Jainának megérteni a küldetésüket. Amikor megérkeztek hozzá, kiderült, hogy ő küldte mindkettőjüket Kalimdorra - és hogy a Próféta nem más, mint a rég halott Medivh, akit édesanyja, Aegwynn korábban visszahozott az élők sorába. Medivh arra figyelmeztette a Warchiefet és a varázslónőt, hogy minden eddiginél nagyobb veszedelem fenyegeti Azerothot, így félre kell tenniük a régi sérelmeket és a Hordának az Alliance-szal egyesült erővel kell majd harcolnia a Burning Legion ellen.
Grom Hellscream ugyan sikeresen létrehozott egy kisebb bázist Ashenvale déli részén, de ezzel felbosszantotta az eddig rejtőzködő night elfeket, akik megtámadták az orkokat. A csata a félisten Cenarius megérkezése után a night elfek javára dőlt el - ráadásul Cenarius démonfajzatoknak hitte az orkokat és ezért a teljes kiirtásukkal lett volna egyedül elégedett. Grom tudta, hogy nem győzhetnek; de amikor találtak egy mágikus kutat, a víz hatására a harcosok megerősödtek - majd fel orkká alakultak, ugyanis a víz a pit lord Mannoroth vérével volt elkeverve... A Warsong orkok ezután sikeresen megküzdöttek a night elfekkel és megölték Cenariust is. Ez viszont nem változtatott azon a tényen, hogy Mannoroth vérének hatására ismét a Burning Legion irányítása alá kerültek.
Grom megállítására Thrall kapott Jainától egy Soul Gemet: ez az ékkő képes börtönként magába zárni egy célpontot. A humanek és a szabad orkok megtámadták a démonokkal és infernalokkal megerősített Warsong klánt, és bár Thrallnak nem volt ínyére a fajtársai elleni harc, sikerült átküzdenie magát a védelmen és elfognia Gromot. Ezután a Warchief egy előkészített rituáléra vitte a Soul Gemet, ahol az ork sámánok és Jaina papjai és varázslói segítségével sikerült megszabadítani Hellscreamet a démoni uralom alól. Grom és Thrall kihívta Mannorothot párviadalra, és bár a pit lord legyőzte Thrallt, a sebesült Grom végzett vele, viszont ő maga is halálos sebet kapott eközben - ő ivott először Draenoron a démonvérből, és most az ő önfeláldozása szabadította meg az orkokat végleg a Burning Legiontól.
Miután egyértelművé vált a Burning Legion visszatérése tízezer év után, Tyrande Whisperwind, a night elf Sentinelek vezetője és Elune főpapnője harcosainak élére állva megpróbálta kivizsgálni a történteket. Hamarosan egy csoport élőhalottra akadtak, akiket üldözve dreadlordokba és Archimonde-ba ütköztek. Tyrande visszavonult, és a night elf haderő megerősítése érdekében felébresztette a hosszú ideje alvó druidákat, akiket párja, Malfurion Stormrage irányított. Eközben felfedezték Illidan rég elfeledett börtönét is - és mivel Tyrande úgy gondolta, hogy ő is hasznos lehet a démonok ellen, elindult kiszabadítani a demon huntert, míg Malfurion folytatta a druidák felébresztését, és igyekezett visszahozni a vadállatiasságból azokat, akikre rosszul hatott az Emerald Dreamben töltött hosszú idő.
Tyrande eközben az őrséget alkotó wardenekkel volt kénytelen harcolni Illidan szabadságáért, és sokat megölt night elf társai közül. Amikor elérte Illidant, bizalmáról biztosította - de Malfurion nem bízott a testvérében. Hogy bizonyítsa, nincs démoni befolyásoltság alatt, Illidan egy csapat sentinelt Felwoodba vitt, hogy megtisztítsa az erdőt, ám itt egy egyenlő ellenfélre is akadt: Arthasra. A death knight elárulta, hogy ő is az erdőt korrumpáló varázsszert, a Skull of Gul'dant keresi, ami hatalmas erővel bír... és a csalira ráharapó Illidan ezután átverekedte magát a démonokon a koponyáig, majd magába szívta erejét. Így megerősödve sikerült legyőznie a démonok itteni vezetőjét, a dreadlord Tichondriust is - ám az erő nagy árat követelt tőle: a teste átalakult, a lábai démonpatákká váltak, démonszárnyai nőttek és a homlokán is megjelent két hatalmas szarv. A félig démonná vált Illidan látványától elborzadt Malfurion megtagadta testvérét és örökre elűzte a night elfek közül... és a vérig sértett Illidan ezután hónapokra eltűnt.
Ekkor megjelent Medivh, aki Malfuriont és Tyrande-ot is meghívta egy találkozóra, ahol jelen volt még Thrall és Jaina is. Itt a varázsló elárulta a jelenlevőknek, hogy az ő segítségével nyílt meg a portál, ami a Hordát Azerothra hozta, és miután Lothar, Garona és Khadgar megölték, visszatért, hogy jóvá tegye korábbi bűneit. Azt is elmondta, hogy csak a halandók összefogása állíthatja meg a démonokat. A csata előkészületeként Nordrassil körül három bázist alakítottak ki, amelyeknek egy szerepe volt: addig lassítani a Burning Legiont, amíg Malfurion elő tudja készíteni a varázslatát... ami magának a World Treenek az erejét használja majd fel Archimonde ellen. A démonok támadása először Jaina bázisát érte el, és amikor már nem lehetett tovább tartani a helyet, a varázslónő elteleportálta a még élő csapatokat az ork bázishoz. Itt Jaina és Thrall állták a sarat, sőt, Thrall villáma meg is sebezte Archimonde-ot; de végül ezt az erődöt is fel kellett adni, és Jaina a maradék human és ork erőket Tyrande-hoz teleportálta. Amikor Archimonde elérte a World Treet, Malfurion megszólaltatta a Horn of Cenariust és előhívta az erdő szellemeit, a wispeket: a szellemek természetes ereje Nordrassil hatalmával kombinálva elég erős volt ahhoz, hogy széttépje az eredar lordot és megsemmisítse a démonok legnagyobb részét egy robbanásban - viszont ez egyben a World Tree pusztulását is jelentette, ami a night elfek halhatatlanságának megszűnésével járt együtt.

Archimonde halálával a Burning Legion támadása és a Harmadik Háború is véget ért. A következmények katasztrofálisak voltak: Lordaeron és Dalaran elpusztult, így a legerősebb emberi királyság a frissen újjáépített Stormwind lett. Az élőhalottak vették át az uralmat a Thandol Spantól északra fekvő terület legnagyobb részén, ahol az ellenállást a Scarlet Crusade, az Argent Dawn és Kael'thas Sunstrider túlélő high elfjei - akik immár blood elfnek nevezték magukat - alkották; de a dreadlordok és Archimonde pusztulása után a Lich King hatalma is meggyengült, így az élőhalottak egy része visszanyerte szabad akaratát, és ezzel létrejött a Scourge legnagyobb ellensége: Sylvanas Forsakenjei. Az itteni területek legtöbb túlélője a hyjali csatát is túlélve Theramore-ban élt tovább Jaina Proudmoore irányítása alatt. Nordrassil pusztulása után a night elfek is ismét halandókká váltak, és a hyjali csata után erősen megfogyatkozva éltek tovább, de már nem titokban; a létezésük újra ismertté vált.
A legjobban a háborúból a Horda jött ki: a Darkspear trollok új otthonra leltek Echo Isles szigetvilágán, míg az orkok Durotarnak nevezték el új otthonukat Thrall édesapjáról, Durotanról. Az együttműködés a démonok ellen egy ideiglenes békekötést is jelentett az Alliance és a Horde között... és amit nem szabad elfelejteni: a Harmadik Háborúban olyan mértékben sikerült megtizedelni a Burning Legion vezérkarát, amire talán sosem volt korábban példa - a teljesség igénye nélkül: sikerült végezni Archimonde-dal, Tichondriusszal, Mal'Ganisszal, Mannorothtal és Azgalorral is.